寺内至今保存有康熙58年5月颁发给帕巴拉活佛的铜印。昌都强巴林寺有五大活佛世系，十二个扎仓，僧人最多时达5000余人，并辖周围小寺70座。现任全国政协副主席为该寺第一大活佛，现已转世至11世。按格鲁教派规定，昌都寺可拥有僧人二千五百人。后在1444年由宗喀巴的晚年弟子西饶桑布在此历时八年建成。昌都寺经商所得利息，平均分给众僧人，采取散发酥油、糌粑、茶叶等生活必需品的办法支付。
昌都寺与内地王朝的关系历来极为密切。从清朝康熙帝开始，该寺主要活佛受历代皇帝的册封。寺内至今保存有康熙58年5月颁发给帕巴拉活佛的铜印。乾隆56年，乾隆帝为昌都寺书赠“祝厘寺”的匾额。昌都强巴林寺有五大活佛世系，十二个扎仓，僧人最多时达5000余人，并辖周围小寺70座。现任全国政协副主席为该寺第一大活佛，现已转世至11世。
该寺主要建筑保存完好，经堂内塑有数以百计的各类佛像和高僧塑像，上千平方米的壁画以及众多的唐卡画，可以说是汇集了昌都能工巧匠的聪明才智，代表了昌都一带最高水平。
强巴林寺的“古庆”跳神素以狰狞逼真的面具，整齐典雅的动作造型，宏大的场面而闻名雪域高原。该寺跳的铖斧舞，服饰整齐华丽，舞姿古朴典雅，配器简约清越。以该寺独有的宗教舞蹈为形式的昌都藏戏在整个西藏自成一派。该寺喇嘛跳的“卓”舞更是一绝。
昌都强巴林寺最值得一看的是它的神舞，在每年的酥油花节期间(时间在藏历年左右，即公历新年后一个月左右)表演的一种神舞，表演主要由动作大气、场面宏大、舞蹈者都戴着狰狞逼真面具表演的“古庆”神舞和服饰华丽舞姿古朴的钺舞组成，是在西藏高原享有盛名的一种神舞!
强巴林寺，位于昌都地区行署所在地昌都县昌都镇马拉山上，距市区很近;藏东第一大寺，寺内主供未来佛强巴佛(即弥勒佛)而得名;强巴林，西藏最大寺庙之一，僧人众多，是西藏驻寺僧人最多的寺庙之一。由藏传佛教格鲁派宗喀巴祖师的徒弟西绕桑布，于15世纪30年代主持修建;
拉萨到强巴林寺，约1100公里(林芝方向走，如从那曲方向走，约900多公里);成都到昌都，约1500公里(川藏南线、北线差不多，都是这个里程);到昌都镇后，可徒步爬上去(约10分钟)，也可坐出租车上去;强巴林寺的僧人自己开了旅馆，可以住宿，也可到山下的昌都镇去住宿，30-100元之间可以搞定。
这座寺庙，建立于明朝年间，是宗喀巴改革西藏佛教以后，他的弟子所建立的。按格鲁教派规定，昌都寺可拥有僧人二千五百人。
传说格鲁派宗师宗喀巴16岁时由青海到拉萨学经途中，路过这两水交汇的秀美之地时预言这里将是弘扬佛法之地。后在1444年由宗喀巴的晚年弟子西饶桑布在此历时八年建成。建寺时西饶桑布在一千户家去讲经化缘，该千户就将自己家的草场奉献了出来作建寺之址。据说现在寺庙五大扎仓之一的桑堆扎仓的位置，就是当年千户搭牦牛帐篷的地方。
宗喀巴1373年入藏途经昌都时曾预言，将来在此地定能兴寺弘佛。后来到公元1437年(明英宗正统二年)宗喀巴的弟子西绕桑布在这昂曲和杂曲两水间雄鹰落地式的岩岛上倡建寺庙，寺内主佛为强巴(大慈)佛，故对该寺起名为昌都强巴林寺。该寺在昌都地区佛教格鲁教派寺院里算是最大的。它下分五个扎仓：林堆、林麦、奴林、库秋、夹惹卡巴等，这里曾由格鲁教派的祥雄曲旺扎巴、楚顿朗卡白，年堆冲孜瓦吉冲贡嘎扎西、三世__索朗加措等著名的高僧主持过该寺，这所闻名全藏的昌都强巴林寺传承十三世堪布。后由帕巴拉三世通娃顿丹起传承世代主持该寺，到那时，该寺在康区已有130个分寺，多集中于昌都、察雅、八宿、硕板多、桑昂曲及波密地区。
由于昌都处在疏通川藏的门户，商业活动成为这一带人民的主要职业，因而也影响到"神圣"的寺庙上来，故僧人们除了念经诵佛外，还兼营经商生息。昌都寺经商所得利息，平均分给众僧人，采取散发酥油、糌粑、茶叶等生活必需品的办法支付。年终寺庙进行结算，如有盈利，便在新年时节，不分大小，平均分摊。昌都寺内的壁画、雕塑、建筑、经卷等艺术珍品和文物，与西藏其他地方的寺庙大同小异。
当然，作为旧西藏三大领主之一的寺庙，它也占有大量土地，也免不了剥削农奴。不然，那些“赤巴”、“堪布”、“活佛”便无法维持奢侈的生活了。别的不讲，就拿吃水来说，寺庙高僧筑于加惹坝上，吃水得下到数百尺的河里去背。这个寺庙有22口装水的大铜锅，每一口锅得装一百多桶水。每天，2500僧人饮用的水，便得靠寺庙周围的百姓来支差背负了。陡峻的河堤，使多少人累死、饿死、失足落水淹死在河里!昌都寺号称“美丽花园”，但是，生活在这花园里的人民，却世世代代免不了爬崎岖的陡坡，下到河里去背水吃。冬天，河中水位低下，上游漂来死畜和垃圾;夏天，山洪暴发，泥沙俱下，河水浑浊，一勺水有半勺泥。“救苦救难”的菩萨并没能给众生带来甘泉，倒是解放后，党和人民政府在昌都寺建立自来水站，才解决了昌都僧俗人民吃水难的大问题。
该寺在昌都地区佛教格鲁派寺院里算是最大的。它下分五个扎仓：林堆、奴林、库秋、夹惹卡巴等、这里曾由格鲁派的祥雄曲旺扎巴、楚顿朗卡白，年堆冲贡嘎扎西、三世__索朗加措等著名的高僧主持过该寺，这年闻名全藏的昌都强巴林寺传达承十三世堪布。后由帕巴拉三世通娃顿丹起传承世代主持该寺，到那时，该寺在康区已有一百三十个分寺，多集中于昌都、察雅、八宿、硕板多、桑昂曲及波密地区。
寺庙内主要的建筑都保存完好，佛像、壁画和唐卡精美。最值得一看的是它的神舞，在每年的酥油花节期间(时间在藏历年左右，即公历新年后一个月左右)表演的一种神舞，表演主要由动作大气、场面宏大、舞蹈者都戴着狰狞逼真面具表演的“古庆’神舞和服饰华丽舞姿古朴的钺舞组成。这是在西藏高原享有盛名的一种神舞!
强巴林寺的殿堂为藏式建筑风格。成书于1792年的《西藏志》载：强巴林寺“其寺向东，内有金顶一座，楼台院宇，宏阔壮丽，亦康区之胜区”。强巴林寺内藏有数以万计的佛像、文物，还有大批藏文经典。第六世、第七世帕巴拉活佛时期，是该寺鼎盛时期，下辖分寺达130多座，管辖地域东到江达的达色，南到桑昂曲，西到波密的倾多，北到琼布丁青。
强巴林寺的建筑规模在康区居首，建筑面积约500亩。强巴林寺以大经堂为正殿，围绕大经堂建有护法殿、度母殿(两座)、辩经院、格朵拉章、噶丹颇章、根日扎仓、桑德扎仓、堆廊扎仓、杰吉扎仓、南卓扎仓、德却扎仓、阔钦扎仓、次保扎仓、次尼扎仓、印经院、扎仓修行院、八大吉祥塔等建筑。寺内除以上谈到的五大活佛系统的5处活佛官邸，9大扎仓，8个禅相院之外，还设有20多座经堂，1座印经院、辩经场，及许多僧舍。
现在，强巴林寺不仅维修了大经堂、法相院经堂、帕巴拉、谢瓦拉、甲热三大活佛的官邸，还依原样重建了护法神殿、八个禅相院的主要经堂、几米高的八大如意塔、度母神殿等等。在大经堂顶上，建起了金色的歇山式大金顶及法轮卧鹿像。在以上各殿堂内，新塑了几米高的释迦牟尼佛、弥勒佛、宗喀巴师徒三人像，以及曾在强巴林寺执掌过的高僧，如向生·西绕松布、格西向巴他那、帕绷喀等的塑像或雕像。一尊释迦牟尼合金镀金像，由活佛的经师、西藏自治区政协副主席雍增·土登唐巴生前主持供奉于大经堂内。在各级人民政府的关怀下，数千尊佛像及唐卡“物归原主”，重新回到强巴林寺，供奉在各殿堂内。大经堂内现存有数百座佛像及高僧塑像，还有许多唐卡。大经堂内还有新绘制的几千平方米的壁画，是由昌都“麦萨”画派的画师加永朗杰主笔。
年藏历二月十五(阳历3、4月不等)，是强巴林寺迎请强巴佛的宗教盛大节日，已延续500多年;届时，一是展佛——18米高、13米宽的强巴佛唐卡，和2米高的度金强巴佛塑像，将会布置于寺前广场，二是朝圣，全寺千名僧人集体诵经，几万信徒前来朝拜。
三世__喇嘛索南嘉措曾经主持过强巴林寺;三世__喇嘛是第一个获__喇嘛称号的活佛，前面一世、二世为追认。