某些病例长期用药时可产生持续性周围神经病变。动物试验发现口服给药对胎仔无毒性。甲硝唑对胎儿的影响尚无足够和严密的对照观察，因此孕妇禁用。动物试验显示人工牛黄甲硝唑胶囊对幼鼠具致癌作用，故哺乳期妇女不宜使用。人工牛黄甲硝唑胶囊的硝基还原成一种细胞毒，从而作用于细菌的DNA代谢过程，促使细菌死亡。
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